Częstą praktyką organów podatkowych jest wydawanie decyzji zabezpieczającej i wszczynanie na jej podstawie postępowania zabezpieczającego, na długo przed rozstrzygnięciem sprawy podatkowej. W ramach postępowania zabezpieczającego organy mogą podejmować działania analogiczne jak w postępowaniu egzekucyjnym (zajmować wierzytelności na rachunkach bankowych, nieruchomości, inne wierzytelności etc.).
Niekiedy organy mimo formalnego wydania decyzji zabezpieczającej i doręczenia podatnikowi zarządzeń zabezpieczających (odpowiedników tytułów wykonawczych) nie podejmują nawet żadnych czynności mających zabezpieczyć majątek podatnika. Dla organów istotny jest bowiem sam skutek, jaki wywołuje doręczenie podatnikowi zarządzenia zabezpieczenia tj. zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Organ wydłuża sobie wówczas drogę do wydania decyzji podatkowej.
Dla skuteczności opisanego wyżej sposobu zawieszenia biegu terminu przedawnienia istotny wpływ ma uchwała Naczelnego Sądu Administracyjnego z 16 czerwca 2025 r., sygn. III FPS 1/25. W przywołanej uchwale NSA stwierdził, że doręczenie zarządzenia zabezpieczenia w wykonaniu decyzji o zabezpieczeniu, wydanej w oparciu o przepisy ordynacji podatkowej, powinno nastąpić do rąk pełnomocnika ustanowionego i zgłoszonego przez podatnika w postępowaniu podatkowym (kontroli podatkowej lub kontroli celno-skarbowej). Dotychczasową praktyką organów było bowiem doręczanie zarządzenia zabezpieczającego bezpośrednio stronie, uznając postępowanie zabezpieczające za odrębne od postępowania podatkowego.
Co to oznacza w praktyce? Jeśli w przeszłości organy doręczyły zarządzenia zabezpieczenia bezpośrednio podatnikowi, a nie ustanowionemu w sprawie pełnomocnikowi, to doręczenie to było wadliwe i nie zawiesiło biegu terminu przedawnienia. Zatem w sprawach podatkowych, w których organy przedłużyły sobie termin na wydanie decyzji, powołując się na zawieszenie biegu terminu przedawnienia ze względu na odrębne postępowanie zabezpieczające, podatnicy niekiedy po latach zyskali możliwość podważania decyzji podatkowych.
Uchwała ta ma charakter wiążący dla składów sądów administracyjnych, a organy podatkowe powinny uwzględniać ją przy doręczaniu zarządzeń zabezpieczenia. Jest to zdecydowany krok w stronę wzmocnienia gwarancji procesowych i skutecznej ochrony przed nieprawidłowym działaniem fiskusa.