Organ podatkowy pierwszej instancji zakwestionował prawo podatnika do odliczenia podatku naliczonego z faktur dokumentujących nabyte usługi uznając, że transakcje te nie odzwierciedlały rzeczywistych zdarzeń gospodarczych, a same faktury stanowiły tzw. puste faktury.
W wyniku pierwszego odwołania, decyzja została uchylona zaś sprawa przekazana do ponownego rozpoznania z wyraźnym zobowiązaniem skierowanym do organu pierwszej instancji do uzupełnienia materiału dowodowego i rzetelnego odniesienia się do argumentów przedstawionych przez podatnika.
Po ponownym rozpoznaniu sprawy organ pierwszej instancji podtrzymał uprzednią negatywną ocenę działalności podatnika ponowie wydając decyzję negatywną. Jednocześnie nie przeprowadził żadnych czynności dowodowych, nie wykonując wytycznych organu odwoławczego. Konsekwencja mogła być tylko jedna – w wyniku wniesionego odwołania decyzja została ponownie uchylona przez organ odwoławczy.
To rozstrzygnięcie po raz kolejny potwierdza, że organy podatkowe nie mogą opierać rozstrzygnięć na domniemaniach, przypuszczeniach czy lakonicznych ocenach. W postępowaniu dowodowym obowiązuje zasada obiektywizmu, a ciężar wykazania okoliczności uzasadniających ingerencję w prawa podatnika spoczywa wyłącznie na organie.
Sprawa ta po raz kolejny pokazuje również, jak istotne jest rzetelne prowadzenie postępowania dowodowego.