W sprawie Klienta kancelarii fiskus zakwestionował obniżenie podatku należnego o podatek naliczony wykazany w poszczególnych fakturach. Zdaniem organów, faktury te nie dokumentowały rzeczywistych zdarzeń gospodarczych, lecz miały służyć wprowadzeniu do obrotu towarów niewiadomego pochodzenia. Sprawa dotyczyła zobowiązania podatkowego z roku 2007 i mogła być rozpoznawana obecnie tylko z tego powodu, że (według organów) w wyniku wszczętego postępowania karno-skarbowego doszło do zawieszenia biegu terminu przedawnienia tego zobowiązania.
W trakcie pierwotnego rozpoznawania sprawy sąd I Instancji nie zgodził się z zarzutem podatnika, że postępowanie karnoskarbowe zostało wszczęte w sposób instrumentalny.
Dopiero NSA uchylając zaskarżony wyrok przedstawił ocenę prawną, sprowadzającą się do kwestii badania przedawnienia zobowiązań podatkowych, którą to oceną sąd I instancji przy ponownym rozpoznaniu sprawy był już związany.
Przy ponownym rozpoznaniu sprawy, wyrokiem z dnia 25 sierpnia 2022 r. o sygn. akt I SA/Kr 391/22, Sąd I instancji uchylił zaskarżone decyzje obu instancji i zobowiązał organy podatkowe do ustalenia, czy nie doszło do wszczęcia postępowania karnoskarbowego sprzecznego z celem instytucji zawieszenia biegu terminu przedawnienia, a w związku z tym do przedawnienia zobowiązania podatkowego. Zdaniem Sądu, konieczne było wyeliminowanie z obrotu decyzji podatkowych, które nie zawierają elementów, pozwalających na stwierdzenie, że wszczęcie postępowania karnoskarbowego nie miało instrumentalnego charakteru.
W świetle uchwały NSA I FPS 1/21 sąd administracyjny, w granicach kontroli legalności decyzji, może sam zbadać czy doszło do instrumentalnego wszczęcia postępowania karnoskarbowego. Oczywiście o ile zgromadzony w sprawie materiał dowodowy pozwala na przeprowadzenie takiego badania. W razie wystarczających podstaw wynikających z tego materiału, sąd administracyjny może umorzyć postępowanie podatkowe (co przyspiesza definitywne zakończenie postępowania). W braku tych dowodów (jak w przedmiotowej sprawie) może skierować sprawę do organów zobowiązując je do ponownego rozpoznania sprawy z uwzględnieniem konkretnych wytycznych.