W praktyce postępowań podatkowych często obserwuje się sytuacje, w których organy podatkowe sięgają po instytucję zabezpieczenia wykonania zobowiązania podatkowego.
Mechanizm ten niejednokrotnie wykorzystywany jest w sytuacjach zbliżającego się terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, gdyż zabezpieczenie otwiera drogę do podjęcia czynności skutkujących zawieszeniem bieg terminu przedawnienia tego zobowiązania (art. 70 § 6 pkt. 4) Ordynacji podatkowej).
Zdarza się jednak, że decyzje o zabezpieczeniu, które są wydawane jeszcze w toku postępowania merytorycznego, a więc przed zgromadzeniem pełnego materiału dowodowego w sprawie, są wydawane przedwcześnie. Mają charakter czysto prewencyjny, często bez należytego uzasadnienia i wykazania przesłanek ustawowych, o których mowa w art. 33 § 1 Ordynacji podatkowej. Zabezpieczenie może zostać zastosowane bowiem tylko wtedy, gdy istnieje uzasadniona obawa, że zobowiązanie podatkowe nie zostanie wykonane.
Do wniosku o zbyt pochopnym zastosowaniu zabezpieczenia wobec jednego z Klientów kancelarii doszedł sąd administracyjny rozpoznając sprawę ze skargi na decyzję o zabezpieczeniu. Organ, w ocenie sądu, zastosował zabezpieczenie automatycznie, bez odpowiedniej rzetelnej analizy przesłanek z art. 33 § 1 Ordynacji podatkowej. Organ uznał bowiem, że zachodzi wysokie prawdopodobieństwo, że należności nie zostaną wykonane, mimo, że Spółka posiadała majątek mogący pokryć jej ewentualne przyszłe zobowiązania podatkowe.
Zwalczanie decyzji podatkowych organów podatkowych stanowi w zasadzie oczywistość dla podatników. Natomiast ze względu na fakt, że utrzymanie w mocy zabezpieczenia na majątku może się przełożyć w negatywny sposób na stosunki gospodarcze podmiotów gospodarczych, w skrajnych przypadkach nawet doprowadzić do wypowiedzenia umowy rachunków bankowych, również weryfikacja decyzji o ustanowieniu zabezpieczenia zyskuje na znaczeniu na etapie przed wydaniem decyzji merytorycznej w sprawie a więc orzekającej o istnieniu samego zobowiązania.